mnt/images/ap.bak 以下のファイルはバージョン変更時に作成されるAP 用のバックアップイメージなので、削除しても問題ないとおもいます。パーミッションの方も、動作に問題はないとおもいます。  

ISRでBridgeすれば vtp sync されて、vlan.dat も コピーされたりはしないでしょうか。 単純に コピーということであれば、vlan.dat を持っているスイッチ側でtftp-server flash:vlan.datと設定して、移行先のスイッチ側で tftp でダウンロードしてもよいのかもしれませんが。