Hola Henry
Cisco ACS es un servidor de autenticación TACACS y RADIUS, este servidor tiene cerca de 15 años como el único producto de Cisco para autenticación de usuarios y dispositivos. Con ACS puedes autenticar usuarios de red LAN, Wireless y Usuarios VPN usando protocolo RADIUS. usando Protocolo TACACS puedes permitir el acceso a los equipo (Switch, router, etc.) además de poder restringir los comandos que ejecutan en los equipos. Cisco ha sacado el fin de vida de Cisco ACS.
Cisco ISE es el sistema que remplaza a ACS, ISE hace las mismas funciones de ACS mas BYOD, portal Guest (gestión de invitados a la red) entre otras nuevas funciones.
Cisco Prime. Existen multiples sistemas Prime, supongo que te refieres a Prime Infrastructure el cual es una herramienta de monitoreo de performance, alarmas y eventos de los equipos Cisco. Cisco Prime solo es monitoreo de red LAN y Wireless y no tiene nada que ver con un servidor de autenticación como ISE o ACS.
Saludos.