こんばんは。
記載の投稿文だけでは回答するのが難しいと思いました。構成図(装置間構成やどこからどこへPingしているのかが書かれた図)やコンフィグ(show run)も補足情報としてアップすると有識者の皆様からの回答が得られやすくなると思います。
また、半数程度とは具体的には何台なのか、通信断は何秒なのか、期待される動作に対して差異や異なるところは何であるのかを明確にされるのが良いと思います。RSTP、LACPなども入り混じって問題が複雑化していますが、それらを利用しない箇所においても事象が発生するのかを試して確認していただき、シンプルな構成に絞って被疑箇所を狭めて特定してくことをお勧めします。