VPN設定は そのFWを通過する一部通信に適用されるように設定するので、そのVPN対象通信は影響を受ける可能性があり、それ以外のFW通過通信は影響を受けない可能性が高いのかな、と思います。
ただ、設定変更作業時は想定外の事が発生するケース(※1番多いのが設定ミス、他 不具合、実装の影響などなど)も多いので、通信影響の少ないメンテナンス時間などに設定変更は実施されるのが一般的かと思います。及び、FWだとバックアップ機能があると思うので、一旦 設定をバックアップしてから設定変更し、設定変更後の何等か通信問題が継続し発生する場合は、そのバックアップファイルをリストアして戻す手順も前もって確認しておくといいかも？
