FTP64 をご利用いただく際にサポートされる構成は、クライアント(IPv6)-サーバ(IPv4)の構成となります。
クライアント(IPv4)-サーバ(IPv6)、もしくはクライアントとサーバーの間に複数の機器にて NAT64 / NAT46 の変換を通じて、クライアント(IPv6)-サーバ(IPv6)、クライアント(IPv4)-サーバ(IPv4)のような組み合わせである場合は、非サポート構成となりますので、FTP転送できない可能性があります。
サポートする構成例:

interface GigabitEthernet0/0/0
ipv6 address 2001::2/64
ipv6 enable
nat64 enable
interface GigabitEthernet0/0/1
ip address 10.1.1.2 255.255.255.0
nat64 enable
nat64 prefix stateful 3001:FEFE::/64
nat64 v6v4 static 2001::1 10.1.1.10