ISEのバックアップが途中で止まってしまい取得できない場合があります。その場合、一度backupを止めて取得しなおしたいところですが、これまではAdmin CLI/GUI共にそのような操作はできませんでした。(CLIではCtrl+C, GUIではStopボタンで止まる場合はあります)
ISE 2.4からは
ise24a/admin# application configure ise
Selection configuration option
[1]Reset M&T Session Database
[2]Rebuild M&T Unusable Indexes
[3]Purge M&T Operational Data
[4]Reset M&T Database
[5]Refresh Database Statistics
[6]Display Profiler Statistics
[7]Export Internal CA Store
[8]Import Internal CA Store
[9]Create Missing Config Indexes
[10]Create Missing M&T Indexes
[11]Enable/Disable ACS Migration
[12]Generate Daily KPM Stats
[13]Generate KPM Stats for last 8 Weeks
[14]Enable/Disable Counter Attribute Collection
[15]View Admin Users
[16]Get all Endpoints
[17]Enable/Disable Wifi Setup
[18]Reset Config Wifi Setup
[19]Establish Trust with controller
[20]Reset Context Visibility
[21]Synchronize Context Visibility With Database
[22]Generate Heap Dump
[23]Generate Thread Dump
[24]Force Backup Cancellation
[0]Exit
の24にあるようにForce Backup Cancellation というメニューが追加されていますので強制終了させたい場合はこちらを試してみると有効な場合があります。
Command referenceではapplication configure iseの出力が最新に更新できていない場合があり表記が無いものもありますが、実機で当該commandでメニューを確認いただければと思います。
その他にもDumpの取得やContext visibility関連の操作もVersionに応じて追加されていますのでご利用のVersionにどのようなメニューがあるか一度確認下さい。